A área de estudo do projeto é a Bacia Rio Ji-Paraná, localizada na parte leste do Estado de Rondônia, situada no Bioma Amazônia. Essa região apresenta elevada taxa de desmatamento (Krusche et. al., 2005). A parte média da Bacia do Rio Ji-Paraná possui elevado grau de alteração antrópica, com grandes extensões de pastagens, no entanto, a parte alta e baixa da bacia ainda apresenta baixa alteração em sua cobertura vegetal original (Krusche et. al., 2005).
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